在《藤野先生》这篇文章中，作者运用了多处比喻的修辞手法来描绘场景和人物，以下是其中几句：

上野的樱花烂熳的时节，望去确也像绯红的轻云。

本体：上野烂熳的樱花；喻体：绯红的轻云。

头顶上盘着大辫子，顶得学生制帽的顶上高高耸起，形成一座富士山。

本体：头顶上盘着的大辫子和上面的制帽；喻体：富士山。

也有解散辫子，盘得平的，除下帽来，油光可鉴，宛如小姑娘的发髻一般。

本体：解散辫子、盘得平平的头发；喻体：小姑娘的发髻。

这些比喻不仅生动形象地描绘了自然景色和人物特征，还通过夸张和反语等修辞手法增强了文章的表现力和讽刺意味。