保护生物多样性最为有效的措施是 建立自然保护区。自然保护区是指把包含保护对象在内的一定面积的陆地或水体划分出来，进行保护和管理。它们是“天然基因库”，能够保存许多物种和各种类型的生态系统；是进行科学研究的天然实验室，为进行各种生物学研究提供良好的基地；同时也是活的自然博物馆，是向人们普及生物学知识，宣传保护生物多样性的重要场所。

除了建立自然保护区之外，还有其他一些辅助措施，如将濒危物种迁出原地，移入动物园、水族馆和濒危动物繁育中心，进行特殊的保护和管理；建立濒危物种的种质库，以保护珍贵的遗传资源；颁布相关法律，以法律手段保护生物多样性。

综合来看，建立自然保护区是最直接且有效的方法，能够全面保护生物及其栖息地，防止生物多样性的丧失。