“莫名其妙”和“匪夷所思”都用于形容事情或行为令人难以理解，但它们之间存在一些细微的差别：

侧重点不同

莫名其妙：侧重于表达某件事情或某个人的行为让人感到困惑、不解，强调的是“无法理解”或“不明白其中的奥妙”。

匪夷所思：侧重于表达某事物反常，超出了常规和常理，强调的是“超乎想象”或“无法想象”。

使用情境不同

莫名其妙：通常用于描述一些日常生活中难以解释的小插曲或行为，有时带有一定的调侃或幽默意味，但不一定带有贬义。

匪夷所思：通常用于描述一些更为严重或不合常理的情况，可能带有一定的惊讶或震惊的意味。

情感色彩不同

莫名其妙：根据语境的不同，可以是中性的，也可以是带有轻微贬义的，表示对某事情的不解或困惑。

匪夷所思：通常是中性的，但有时可能带有更强烈的情感色彩，如惊讶、震惊或愤怒。

例子

莫名其妙：

他在河边的小道上散步，发现一只蝴蝶一直莫名其妙地跟着他。

我莫名其妙地收到一封来信，可写信的人我压根儿就不认识。

匪夷所思：

老师今天在课堂上批评了我，令我匪夷所思的是还给我插上了一面小红旗。

这个人的行为真是匪夷所思，完全不符合常理。

总的来说，“莫名其妙”和“匪夷所思”都用于形容难以理解的事情，但“莫名其妙”更侧重于表达困惑和不解，而“匪夷所思”更侧重于表达反常和超乎想象。根据具体的语境和需要传达的情感色彩，可以选择合适的词语来表达。