在《一起来看流星雨》的大结局中，端木磊的病情得到了奇迹般的治愈。以下是剧情的详细发展：

蒋媛的放手：

蒋媛在经历深思熟虑后，决定放手，让云海和雨荨在一起。她意识到这样的胜利毫无意义，幸福并不在于此。随着她的释然，她的伤势也逐渐好转。

云海的归来：

在蒋媛放手后，云海奇迹般地回到了国内。原来，蒋媛的放手让云海也感到释然，从而选择回到雨荨身边。

端木的康复：

在大家为端木磊祈祷时，于馨推着康复的端木磊出现在大家面前。端木磊的病治愈了，这得益于那百分之一的治愈几率。

重聚与祝福：

最后，所有角色齐聚学校，参加了一场篮球比赛。比赛结束后，他们一起喊出了“今生今世，永如今日”的誓言，表达了对彼此深厚的情谊和对未来的美好祝愿。

综上所述，端木磊的病愈和大家的重聚构成了《一起来看流星雨》大结局的主线，传递了友情、爱情和坚持的积极信息。尽管剧情中没有明确交代端木磊和于馨的感情结局，但端木磊的康复本身就是一个令人欣慰的奇迹。