不是，五少主和六少主在《卿卿日常》中并不是兄弟关系。

在《卿卿日常》这部剧中，存在多位少主角色，他们分别是嫡长主、大少主、三少主、四少主、五少主和六少主等。其中，嫡长主是剧中的主要角色，而其他少主则是他的子嗣。根据剧情描述，嫡长主对六少主有所忌惮，因为六少主可能会威胁到他的地位。此外，剧中还提到成人少主包括大少主、三少主、四少主、五少主和六少主等人，但并没有明确指出他们是兄弟关系。

因此，根据剧情中的信息，我们可以推断出五少主和六少主在《卿卿日常》中并不是兄弟关系。他们可能是剧中的其他重要角色，但剧情中并未明确提及他们之间的亲属关系。