日本在二战期间并没有完全占领山西全境。虽然在1937年至1945年间，日本军队对山西进行了长期的侵略和占领，但山西的某些部分始终在中国抗日武装的控制之下。

具体来说，1937年日本发动卢沟桥事变后，开始了对山西的侵略。在抗日战争期间，山西的105个县中，有104个县曾经沦陷敌手，只有平顺县免遭日寇占领。1938年，日军曾攻占永和县，但并非如某些说法所言没有沦陷。

1938年初，日军对山西发起新一轮强有力的侵略，先后占领了大同、朔州、忻州、太原、晋中、阳泉等地区。长治市位于山西省东南部，是晋东南重要的经济、文化和交通枢纽，但在日军的侵略下也最终沦陷。

尽管日军在山西取得了许多军事胜利，但山西的地理环境和民风使得他们难以完全控制山西。山西是中国文明古城，民风彪悍，不易屈服，加之抗日武装在山西建立了稳定的战略根据地，使得日军在山西的统治并不稳固。

因此，综合以上信息，可以得出结论：日本在二战期间并没有完全占领山西全境。