在电视剧《县委大院》中，吕青山书记的结局是 平调到市一级边缘化的部门工作。尽管他在任期内想要力挽狂澜，扭转乾坤，但由于自身魄力不够、果敢不足的主观因素以及奶牛虚假、利润虚空等历史遗留问题的客观原因，他的工作方法和思路并未取得显著成效，最终导致了他边缘化的政治生涯。在离开光明县时，吕青山没有和班子成员合影留念，只是默默拿起公文包离开了他为之奋斗过的地方。

尽管有观众猜测吕青山是因为数据造假等问题被问责而撤职，但剧中并没有明确交代他具体的去向，只是知道他离开了光明县，不再担任光明县的县委书记。因此，可以确定的是，吕青山在剧中的结局是离开了他长期工作的光明县，转岗到市一级的边缘部门。