南怀瑾先生抽烟的原因主要有以下几点：

驱赶人味：

南怀瑾先生早年在峨眉山闭关，那里人迹罕至，山气清新，呼吸十分畅快。下山后，复闻“人”味，顿觉浊臭刺鼻，不堪忍受。为了驱赶这些气味，他想到用烟气来遮挡，久而久之，形成了抽烟的习惯。不过，他是只抽不吸，烟气在嘴里转个圈就吐出来了。

缓解疲劳：

南怀瑾先生平时白天有很多事情要忙，夜里十二点以后还会看书、读经、回信、处理公文，经常搞到早晨5、6点才睡，有时还要连续三、四天上课。为了缓解疲劳，他一天昼夜喝茶，也会经常抽烟。

嗅觉灵敏：

南怀瑾先生经历了三年的闭关生活，发现自己的嗅觉异于常人，能闻到别人闻不到的气味。比如远处行人的汗臭味、隔壁座化妆女人的胭脂味。有一次实在受不了，就顺手拿起一根烟，想借助烟味驱散这些气味。想不到效果还挺好，久而久之，手指夹着烟，就成了南怀瑾的招牌动作。

神经系统的平衡：

南怀瑾先生认为抽烟主要是神经系统需要烟中的尼古丁来中和、平衡系统，以使心、气、身达到某种平衡愉悦。这种平衡和愉悦取决于目前的状况，也包含了之前长久的积淀。

综上所述，南怀瑾先生抽烟的习惯主要是为了驱赶人味、缓解疲劳、应对嗅觉灵敏以及达到神经系统的平衡。