在《JOJO的奇妙冒险：石之海》中，普奇神父的结局如下：

时间加速能力：

神父通过与绿色婴儿融合，进化出了具有时间加速能力的替身“天堂制造”。

宇宙重启：

神父利用“天堂制造”的能力，将整个宇宙压缩成一个奇点，并重新启动新世界。在这个新世界里，所有人都已经知道了自己上一个世界的命运，并且无法违背。

自身例外：

与其他人不同，神父可以加速时间跳到下一个奇点，从而成为唯一一个能够在新世界存活的人。

安波里欧的击杀：

尽管神父拥有如此强大的能力，但最终他还是被安波里欧所击杀。安波里欧利用天气预报的替身光碟，通过纯氧和欧拉攻击成功击败了神父。

因此，普奇神父在《JOJO的奇妙冒险：石之海》中的结局是被安波里欧击杀，他的“天堂制造”能力虽然强大，但最终未能改变自己的命运。