阿迦莫多之眼是神秘博士2中出现的第三只眼，与至尊法师Agamotto有关。传说Agamotto创造了三只眼睛：力量、真理和预见，其中阿迦莫多之眼是与他名字最常联系的一个。阿迦莫多之眼是智慧的武器，能够揭露任何伪装和幻觉、观看过去事件、追踪灵体和生命，并且其光芒能削弱各种邪恶的魔法生物。

在《奇异博士2》的结局中，奇异博士为了对抗旺达而使用了黑暗混沌魔法，将自己的意识投射到主宇宙的博士尸体上，这个行为的后遗症就是他继承了第三只眼。这个第三只眼也被称为阿伽摩托之眼，在漫画中由阿伽摩托打造，类似一个护身符，并且有多种能力。奇异博士曾将这个阿伽摩托之眼放置在额头上，它可能会唤醒奇异博士的新能力，或者成为对抗“征服者康”的重要元素。

因此，结合以上信息，可以确定在《神秘博士2》中，第三只眼是 阿迦莫多之眼，并且与至尊法师Agamotto有深厚的联系，具有强大的魔法能力。