朱自清在写《匆匆》时，心情是复杂而沉重的。他面对五四运动落潮后的现实，感到失望和苦闷，心中充满了念旧、低徊、惋惜和惆怅之情。尽管如此，他并没有因此消沉或颓废，而是以一种狷介自守、认真处世、勤奋踏实的人生态度来面对这些情感。

朱自清认为生活中的每一个瞬间都有其独立的意义和价值，每一刹那在持续的时间里都有其相当的位置。他在给俞平伯的信中写道：“日来时时念旧，殊低徊不能自已。明知无聊，但难排遣。回想上的惋惜，正是不能自克的事。因了这惋惜的情怀，引起时日不可留之感。我将这宗心绪写成一诗，名曰《匆匆》”。

从这些文字中可以看出，朱自清的心情是无奈、焦急、惋惜和含蓄希望的混合体。他感到时间流逝的迅速和无法挽回，这种无奈和惋惜贯穿了整篇文章。他通过对时间流逝的细腻刻画，表达了自己对虚度时光的恐惧和对人生短暂的感慨。

综上所述，朱自清在写《匆匆》时，心情是沉重而复杂的，充满了对时间流逝的无奈和惋惜，但也有坚韧和积极向上的态度。