两个部门友谊的成语有：

亲密无间：

形容关系非常亲密，没有任何隔阂。

推心置腹：

比喻真心待人，把赤诚的心交给人家。

肝胆相照：

形容彼此之间非常信任，真心实意。

情同手足：

形容友谊深厚，如同手足之间的亲密关系。

志同道合：

指理想、志趣等完全一致，有共同的追求和目标。

风雨同舟：

形容在困难或逆境中，共同奋斗，相互扶持。

荣辱与共：

形容共同分享光荣和耻辱。

同甘共苦：

形容在好的和坏的情况下都在一起，共同分享快乐和痛苦。

盛情款待：

形容热情款待，真诚待人。

促膝谈心：

形容彼此之间非常亲近，愿意推心置腹地交流。

心心相印：

形容彼此心意相通，情意相投。

手足之情：

比喻朋友之间深厚的情感，如同手足之间的亲密关系。

心有灵犀：

形容彼此心灵相通，思想契合。

树大根深：

比喻长久稳固的友谊，像大树一样有深厚的根基。

形影不离：

形容友谊紧密，经常在一起，相互依赖。

血浓于水：

比喻亲情或友情比水还要深厚。

这些成语都可以用来形容两个部门之间的友谊，具体选择哪个成语可以根据实际情况和语境来决定。