余秋雨的《莫高窟》主要表达了以下几个主旨：

赞美古代劳动人民的智慧

莫高窟是中国古代劳动人民智慧的结晶，作者通过叙述莫高窟的地理位置和开凿时间，表达了对古代劳动人民智慧和勤劳的赞美之情。

佛教艺术在中国的融合与发展

莫高窟的建成是佛教传入中国后，在历代学者、艺人、工匠、僧人的吸收、融合、改造中，产生和形成了伟大的中国佛教艺术。

中华文明的生生不息和独特魅力

莫高窟不仅是文化的象征，更是中华民族生生不息、吐纳百代的独特秉赋的体现，代表了中国古代文明的辉煌和独特魅力。

宗教与文化的交融

莫高窟不仅仅是佛教故事的载体，更是宗教史和文化史的交汇点，体现了博大精深的佛教理义在寂寞舞者演绎下的淋漓尽致。

文明之间的交流与碰撞

余秋雨通过对比世界各大文明，反思了文明之间的隔阂和冲突，强调了文明本应对野蛮的摆脱，但有时却又回到了野蛮的状态。

莫高窟的永恒价值

莫高窟不仅是历史的见证，更是人类精神追求的象征，其价值超越了时间和空间，具有永恒的意义。

综上所述，余秋雨的《莫高窟》通过对莫高窟的描绘和解读，表达了对古代劳动人民智慧的赞美、对佛教艺术在中国发展的思考、对中华文明生生不息的颂扬以及对文明之间交流与碰撞的深刻反思。