主角拥有曼哈顿博士能力的小说包括：

《规则创世指南》：

这本小说的主角获得了改变规则和常数的小世界，通过在其中演化生命和文明来掌握自己的命运。虽然曼哈顿博士不是主角，但他在小说中有所提及。

《穿越漫威，每天都担心灭霸的一个响指把自己变成灰，还好，觉醒系统，开局获得曼哈顿博士的能力》：

这部作品的主角穿越到了漫威宇宙，并获得了曼哈顿博士的能力，从而能够对抗灭霸的威胁。

《守望者前传-曼哈顿博士》：

这部小说详细描述了曼哈顿博士的能力，包括量子之躯、量子反应、本体复制、记忆读取、移动时空、支配粒子、粒子毁灭、预知未来、分解重组、重组身体、微观视线、驾驭时间、创造生命、改变现实、因果无效、创造宇宙和毁灭宇宙等。

《美漫：都变种了还当人干嘛》和《地球首富从原始荒野开始》：

这两本小说都以漫威宇宙为背景，具有类似的题材和故事情节，虽然主要角色可能不是曼哈顿博士，但它们涉及到的超能力设定与曼哈顿博士的能力有相似之处。

《幻想世界大穿越》：

主角在无限空间中的学霸之旅，涉及多个世界，包括漫威宇宙。虽然主角的能力没有明确提到曼哈顿博士式的量子能力，但整体设定和科技背景与曼哈顿博士的能力有相似之处。

这些小说都以不同的方式融入了曼哈顿博士式的超能力，主角通过这些能力在各自的故事中扮演重要角色。希望这些推荐能满足您对主角拥有曼哈顿博士能力的小说的需求。