王石离开万科的原因是多方面的，主要包括以下几点：

股权问题：

王石在1988年万科股份化改造时，放弃了个人股权，选择成为一名职业经理人。这使得他在万科中的股份非常少，难以在关键时刻对公司有足够的控制力。

管理问题：

王石虽然致力于将万科打造成一个职业经理人团队，但他未能有效解决内部人控制的问题，导致管理层与大股东之间的矛盾和冲突。

大股东的支持：

王石与万科原大股东华润的关系原本不错，但在更换了老总之后，华润对新任管理层的不满，减少了对王石的支持。

股权争夺战：

在“宝万之争”中，王石与宝能集团及其背后的资本进行了激烈的博弈，最终未能取得胜利，被迫离开万科。

个人选择：

王石在巅峰时刻选择了激流勇退，他认为金钱不是第一位的，选择享受生活，追求个人的自由和名利的超脱。

综合以上几点，可以看出王石离开万科是一个复杂而无奈的选择，既有对股权和管理问题的反思，也有对个人名利和生活的追求。