胡军和郭麒麟在《声临其境》第三季的第十期节目中合作。在这一期节目中，胡军和郭麒麟组成了“军旗飘扬”组合，并选择了《寻梦环游记》的片段进行配音。他们在第一轮合配环节中展示了出色的表现，胡军配的是曾曾爷爷埃克托，而郭麒麟配的是小男孩米格，两人的配合相当默契，并且郭麒麟还采用了相声式报幕，展现了他的相声才华。

因此，胡军选择郭麒麟作为合作伙伴是在《声临其境》第三季的第十期节目中。