《倩女幽魂》的故事主要围绕书生宁采臣和女鬼聂小倩之间的爱情纠葛展开。宁采臣在赴郭北县收账的途中，因大雨躲入传说纷纭的兰若寺投宿。夜晚，他被聂小倩的琴音所吸引，两人逐渐产生了感情。然而，聂小倩实际上是树精姥姥所操纵的女鬼，她每夜四处寻找壮男为姥姥吸引阳精，以增益延寿。燕赤霞作为道士，一直在暗中保护宁采臣，并最终帮助他解除了聂小倩的困境。

具体情节包括：

宁采臣与聂小倩的邂逅：

宁采臣在兰若寺躲雨时，被聂小倩的琴音所吸引，两人开始交往。

燕赤霞的介入：

燕赤霞发现聂小倩的真实身份，并帮助宁采臣对付树精姥姥，最终促成宁采臣与聂小倩的人鬼之恋。

树精姥姥的阴谋：

树精姥姥逼聂小倩杀宁采臣，但聂小倩不肯，最终被燕赤霞救下。

宁采臣的承诺：

宁采臣答应将聂小倩的尸骨送回乡间安葬，但聂小倩却被地府石妖抢去为妻，燕赤霞再次出手相救。

此外，故事还涉及其他角色和情节，如王生、倩女、燕赤霞的修行和冒险等。

这部电影改编自《聊斋志异》中的名篇《聂小倩》，通过人鬼之间的爱情故事，展现了勇气、爱情和牺牲的主题。