《游褒禅山记》中所有的“其”的含义如下：

始舍于其址：

代词，指褒禅山。

以故其后名曰：

代词，指慧褒。

距其院东五里：

代词，指慧空禅院。

以其乃华山洞：

代词，指华山洞。

其文漫灭：

代词，指石碑。

独其为文犹可识：

代词，指石碑。

其下平旷：

代词，指褒禅山。

问其深：

代词，指后洞。

则其好游者：

代词，那些。

其进愈难：

无实义。

总结：

“其”在《游褒禅山记》中主要作为代词使用，指代前文提到的地名、人名或事物。

这些代词在句子中起到了领属、指示等作用，帮助明确句子的指向和对象。

希望这些解释对你有所帮助。