公务员年度考核表机关负责人签意见时， 应根据公务员的德、能、勤、绩、廉的综合表现来写。具体步骤如下：

肯定公务员的优点和成绩：

在意见中要写出公务员在工作中的突出表现和值得表扬的地方，这些内容应占据较大篇幅，以体现对公务员工作的认可。

指出不足和改进之处：

除了肯定之外，还需要客观地指出公务员在工作中的不足之处和改进的空间。这部分内容要简明扼要，突出重点，以便公务员能够明确了解自己的改进方向。

保持意见的客观公正：

签意见时，要保持客观公正的态度，不夸大也不缩小，确保意见的真实性和有效性。

手写签字和日期：

意见部分需要由机关负责人手写签字，并注明填写日期，以增加意见的正式性和权威性。

盖章：

如果考核等次与主管领导评语和考核等次建议不一致，需要在意见栏中说明原因，并写出最终考核结果。此外，单位负责人签名后还需盖章，以示对考核结果的确认。

通过以上步骤，机关负责人可以全面、客观地评价公务员的工作表现，并提出建设性的意见和建议，帮助公务员更好地提升自己的工作能力和水平。