南京高校与北京高校相似的原因主要有以下几点：

历史渊源：

南京和北京的高校很多都有深厚的历史渊源。例如，南京大学的文理学科见长，其前身可以追溯到民国时期创立的国立中央大学，而北京大学则以文理学科著称，其前身也是由私立教会燕京大学合并而成。这种历史传承使得两地的大学在学科设置和学术传统上有很大的相似性。

院系调整：

在20世纪50年代的院系调整中，南京和北京的高校都经历了重大的变革。例如，原国立中央大学被拆分为多个部分，这些部分后来成为了南京各大学的基石。北京大学在院系调整中合并了私立教会燕京大学，形成了今天以文理学科为主的综合性大学。这种调整使得两地的大学在学科布局上有很大的相似性。

高校合并：

虽然南京在90年代末没有像其他城市那样进行大规模的高校合并，但其高校构成仍然与北京的高校有很高的相似度。例如，南京航空航天大学和南京理工大学等高校在学科设置和学术研究上与北京的航空航天大学和中国理工大学等高校有很强的相似性。

地理优势：

北京作为中国的首都，具有得天独厚的地理优势，吸引了大量的优秀人才和优质教育资源。南京作为江苏省的省会，同样具有很好的地理位置和发展潜力，这使得两地的大学在吸引优质师资和学生方面有很大的相似性。

政府规划：

国家和地方政府对高等教育的规划和政策支持也促使南京和北京的高校在学科建设和科研方向上有很大的相似性。例如，南京和北京都有大量的国家和省部级重点实验室和研究中心，这些实验室和研究中心在研究方向上往往有很高的重合度。

综上所述，南京高校与北京高校的相似性主要源于它们的历史渊源、院系调整、高校合并、地理优势以及政府规划等多方面因素。