当工厂的环保检查结果不合格时，需要采取一系列措施进行处理。以下是一些可能的步骤：

限期整改

相关部门会责令工厂在规定期限内进行整改，使其达到环保标准。整改过程中，工厂可能需要投入资金购置环保设备、改进生产工艺等。

罚款

根据环保不合格的严重程度，对工厂处以一定数额的罚款。罚款旨在促使工厂重视环保问题，尽快采取措施整改。

停产整顿

如果工厂环保问题较为严重，经限期整改后仍未达到要求，可能会被责令停产整顿，直至整改合格后方可恢复生产。

限制生产

在一些情况下，可能会对工厂的生产规模进行限制，例如降低产能等，以减轻其对环境的影响，同时督促工厂加快整改步伐。

法律追责

如果工厂的环保不合格行为构成违法，相关部门将依法追究其法律责任，包括对相关责任人进行处罚等。

自查与沟通

工厂需要及时和有管辖权的环保部门进行沟通，并进行自查，确定企业在生产活动中是否存在废水、废气、固废、噪声、生态、风险等影响。

第三方检测

整改完成后，工厂可能需要找第三方检测公司进行对应的结果检测，看处理设备或整改内容的最后处理结果是否符合当地标准或国家标准。

环评手续与实际生产不符

如果工厂的环评手续与实际生产情况不符，工厂应当立即停止不环保的生产活动，并按照环评报告中的对策整改，或主动向环保部门报告并配合整改。

法律依据

工厂污染环境的投诉方式包括向当地环保局投诉。如果工厂污染环境严重，可能构成污染环境罪，应负刑事责任。

环保部门调查处理

环保部门接到投诉后，会启动一系列严谨且高效的调查处理流程，包括初查、确定责任人、预测危害程度等，并根据情况采取相应的防治措施。

建议：

工厂应当充分认识到环保的重要性，切实履行环保责任，确保生产活动符合环保要求。在整改过程中，工厂应加强与环保部门的沟通，及时反馈整改进展，并在必要时寻求专业帮助，以确保整改工作顺利进行。