不知不觉和莫名其妙 不是一个意思。

不知不觉：

指在自己毫无察觉的情况下，事情或者是人突然就出现，或者是流失了。例如：

我不知不觉地完成了作业。

莫名其妙：

指你根本没有搞懂这件事情，他就忽然发生了。例如：

这件事情发生得莫名其妙，让人摸不着头脑。

因此，虽然这两个词都涉及到“没有察觉”或“不清楚”的情况，但它们所表达的具体含义和用法是不同的，不能混用。