钱学森在“两弹一星”工程中的功劳最大，主要原因可以归纳为以下几点：

关键性技术突破：

钱学森在导弹和火箭技术方面提出了至关重要的实施方案，这些方案对中国成功研制出第一枚近程导弹、第一颗原子弹和第一颗人造卫星起到了决定性的作用。

理论基础的奠定：

钱学森与他人一起提出的高超音速流动理论，为空气动力学的发展奠定了重要基础。此外，他在应用力学和火箭、导弹技术的许多领域都做过开创性的工作。

高级职务与荣誉：

钱学森不仅是中国科学院和工程院的双院士，还获得了两弹一星功勋奖章，被授予“中国航天之父”“中国导弹之父”“中国自动化控制之父”和“火箭之王”等荣誉称号。

推动国防现代化：

钱学森的回国效力，使得中国导弹和原子弹的发射至少向前推进了20年，这对中国国防现代化产生了深远影响。

培养科研人才：

钱学森不仅在技术上做出了巨大贡献，还培养了一大批优秀的科研人才，为中国航天事业的发展提供了强大的智力支持。

综合以上几点，钱学森在“两弹一星”工程中的功劳最大，主要体现在他的技术突破、理论奠基、职务荣誉、推动国防现代化以及培养科研人才等方面。他的贡献不仅对中国，而且对世界航天和国防技术的发展都产生了深远影响。